Scanpy源码浅析之pp.highly_variable_genes
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版本
导入Scanpy, 其版本为'1.9.1'，如果你看到的源码和下文有差异，其可能是由于版本差异。
import scanpy as sc
sc.__version__
#'1.9.1'
功能
函数pp.highly_variable_genes其源代码在scanpy/preprocessing/_highly_variable_genes.py
其主要功能寻找高变基因。当前函数内置了3个方法来寻找高变基因，可以通过参数flavor 选择。其分别为：‘seurat’, ‘cell_ranger’, ‘seurat_v3’。'seurat_v3' 应该是seurat 第3个大版本使用的方法，对应于Seurat::FindVariableFeatures 的 selection.method = "vst"。现在Seurat已经第四个版本，默认也是vst。
代码解析
[图片上传失败...(image-6d9f7b-1663851492164)]
由于该函数代码较多，将会分成3部分解析：
- _highly_variable_genes_seurat_v3
- _highly_variable_genes_single_batch
- _highly_variable_genes(multiple batch)
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