R语言 教程
- 第1节:R语言 概述
- 第2节:R语言 环境设置
- 第3节:R语言 基本语法
- 第4节:R语言 数据类型
- 第5节:R语言 变量
- 第6节:R语言 运算符
- 第7节:R语言 决策
- 第8节:R语言 包
- 第9节:R语言 循环
- 第10节:R语言 数据重塑
- 第11节:R语言 函数
- 第12节:R语言 字符串
- 第13节:R语言 向量
- 第14节:R语言 列表
- 第15节:R语言 矩阵
- 第16节:R语言 数组
- 第17节:R语言 因子
- 第18节:R语言 数据帧
- 第19节:R语言 条形图
- 第20节:R语言 箱线图
- 第21节:R语言 直方图
- 第22节:R语言 折线图
- 第23节:R语言 散点图
- 第24节:R语言 饼状图
- 第25节:R语言 CSV文件
- 第26节:R语言 Excel文件
- 第27节:R语言 二进制文件
- 第28节:R语言 XML文件
- 第29节:R语言 JSON文件
- 第30节:R语言 Web数据
- 第31节:R语言 数据库
- 第32节:R语言 平均值,中位数和模式
- 第33节:R语言 线性回归
- 第34节:R语言 多重回归
- 第35节:R语言 逻辑回归
- 第36节:R语言 标准分布
- 第37节:R语言 二项分布
- 第38节:R语言 泊松回归
- 第39节:R语言 协方差分析
- 第40节:R语言 时间序列分析
- 第41节:R语言 非线性最小二乘
- 第42节:R语言 决策树
- 第43节:R语言 随机森林算法
- 第44节:R语言 生存分析
- 第45节:R语言 卡方检验
R语言 生存分析
生存分析处理预测特定事件将要发生的时间。 它也被称为故障时间分析或分析死亡时间。 例如,预测患有癌症的人将存活的天数或预测机械系统将失败的时间。
命名为survival的R语言包用于进行生存分析。 此包包含函数Surv(),它将输入数据作为R语言公式,并在选择的变量中创建一个生存对象用于分析。 然后我们使用函数survfit()创建一个分析图。
安装软件包
install.packages("survival")
语法
在R语言中创建生存分析的基本语法是 -
Surv(time,event)
survfit(formula)
以下是所使用的参数的描述 -
time是直到事件发生的跟踪时间。
event指示预期事件的发生的状态。
formula是预测变量之间的关系。
例
我们将考虑在上面安装的生存包中存在的名为“pbc”的数据集。 它描述了关于受肝原发性胆汁性肝硬化(PBC)影响的人的生存数据点。 在数据集中存在的许多列中,我们主要关注字段“time”和“status”。 时间表示在接受肝移植或患者死亡的患者的登记和事件的较早之间的天数。
# Load the library.
library("survival")
# Print first few rows.
print(head(pbc))
当我们执行上面的代码,它产生以下结果及图表 -
id time status trt age sex ascites hepato spiders edema bili chol
1 1 400 2 1 58.76523 f 1 1 1 1.0 14.5 261
2 2 4500 0 1 56.44627 f 0 1 1 0.0 1.1 302
3 3 1012 2 1 70.07255 m 0 0 0 0.5 1.4 176
4 4 1925 2 1 54.74059 f 0 1 1 0.5 1.8 244
5 5 1504 1 2 38.10541 f 0 1 1 0.0 3.4 279
6 6 2503 2 2 66.25873 f 0 1 0 0.0 0.8 248
albumin copper alk.phos ast trig platelet protime stage
1 2.60 156 1718.0 137.95 172 190 12.2 4
2 4.14 54 7394.8 113.52 88 221 10.6 3
3 3.48 210 516.0 96.10 55 151 12.0 4
4 2.54 64 6121.8 60.63 92 183 10.3 4
5 3.53 143 671.0 113.15 72 136 10.9 3
6 3.98 50 944.0 93.00 63 NA 11.0 3
从上述数据,我们正在考虑分析的时间和状态。
应用Surv()和survfit()函数
现在我们继续应用Surv()函数到上面的数据集,并创建一个将显示趋势图。
# Load the library.
library("survival")
# Create the survival object.
survfit(Surv(pbc$time,pbc$status == 2)~1)
# Give the chart file a name.
png(file = "survival.png")
# Plot the graph.
plot(survfit(Surv(pbc$time,pbc$status == 2)~1))
# Save the file.
dev.off()
当我们执行上面的代码,它产生以下结果及图表 -
Call: survfit(formula = Surv(pbc$time, pbc$status == 2) ~ 1)
n events median 0.95LCL 0.95UCL
418 161 3395 3090 3853
上图中的趋势有助于我们预测在特定天数结束时的生存概率。